小居鲁士死后，由于王国动荡的局势，阿尔塔薛西斯并没有对当初支持小居鲁士的小亚细亚官员和贵族进行严厉惩处，但心中一直对小亚细亚怀有戒备。他原本寄希望于他所信任的蒂萨弗尼斯能够重新将小亚细亚纳入他的完全掌控之中，但没想到斯巴达王阿格西劳斯入侵小亚细亚，蒂萨弗尼斯连战连败，痛恨其害死小居鲁士的波斯王太后趁机将其处死，阿尔塔薛西斯故意气恼而不援助小亚西亚，其实是暗中期望小亚细亚被斯巴达人彻底打烂之后，他再重新收拾残局。谁知科林斯战争爆发，阿格西劳斯不得不提前返回希腊，而家园遭受破坏的小亚细亚的贵族和民众却因为波斯王庭的不作为而有了很大怨言。
尤其是小亚细亚的另一位总督法那巴佐斯为了报复斯巴达，让曾经寄居他篱下的雅典将领科农率领他手下的舰队，直接协助雅典与斯巴达作战，甚至科农将整个舰队据为雅典所有，他也假装视而不见。
谁知，阿尔塔薛西斯接受谋臣的建议转而支持斯巴达，还要求法那巴佐斯收回他赠予雅典的战船。
这激起了法那巴佐斯的强烈不满，他不但不服从命令，而且还拒绝承认斯巴达是波斯的盟友。由于法那巴佐斯是小亚细亚的大贵族，在波斯的西部有不小的影响力，最终阿尔塔薛西斯不得不将女儿嫁给了法那巴佐斯的儿子，才安抚住了这位总督，但自此之后小亚细亚与波斯王庭的裂痕越来越深。
波斯王庭调到小亚细亚任职的波斯官员始终得不到当地贵族和民众的配合，而阿尔塔薛西斯也一直在有意削弱小亚细亚的地方势力，比如征讨杜克亚山区、入侵埃及……阿尔塔薛西斯都要求小亚细亚提供更多的兵源和物资，关键每一次大的战争最后都遭受了失败，让小亚细亚蒙受了很大的损失，贵族和民众心中的怨恨可想而知。而且这些战争的失败也降低了波斯王庭的威望，让小亚细亚的总督和贵族们滋生了野心。
而这一次入侵埃及，阿尔塔薛西斯虽然没有要求小亚细亚提供更多的兵员，但却要求他们全力支援斯巴达和雅典，那同样是一笔巨大的物资消耗，结果终于引发了一场叛乱，不只是弗里西亚反了，吕底亚、米西亚、西里西亚、比提尼亚、吕西亚、庇西狄亚……大多数小亚细亚东西部地区都反了，甚至还波及到了叙利亚。
说实在的，阿尔塔薛西斯现在十分的懊恼，他原本计划是在两三年后再对埃及发动进攻，因为到那时杜克亚人所造成的动荡已经过去，国内的局势更加稳定，对埃及的军事准备也更加充分，在这样的情况下小亚细亚的总督们面对波斯王庭的巨大军事优势，或许不敢这样明目张胆的叛乱，但他得知“戴奥尼亚军队入侵伯罗奔尼撒、并且在与斯巴达作战中占据绝对优势”的消息后，他就坐不住了，一旦让戴奥尼亚控制了希腊本土，波斯要想顺利征服埃及就会变得更加困难，他不得不利用戴奥尼亚军队被牵制在希腊本土的这一段时间，提前发起对埃及的进攻，但没想到却激起了小亚细亚的叛乱。