木叶46年，风之国砂隐村第三代风影神秘失踪。
三代风影失踪后，沙隐村倾尽全力寻找三代风影，由于大力寻找的缘故，几乎各大国都得知了三代风影失踪的消息。
一村元首失踪，其他国家得到消息之后自然各有反应，利益纠葛，趁虚而入，又有有心人在中引导……战争，爆发了。
砂隐村三代风影失踪，起到了一个导火索作用，和平不到十年的忍界，继承了上一次大战的恩怨纠葛，这是上一场忍界大战的延伸，又是一次波及整个忍界的大战。
因为憎恨和仇怨而产生的战争，因为战争而新增的仇恨，周而复始，不停的战斗，无止尽的战争……
三代风影失踪，彼时的木叶正是是三代火影在位，年过半百的三代火影猿飞日斩已经开始从巅峰期衰弱，下一代继承者的风波也由此横生波澜。
火之国内部，近些年也极为不平稳。
二次忍界大战之后，代理火影，宇智波一族强者宇智波盛、日向一族宗家日向馨与千手一族分支美黛子三人结伴游历大陆。
三忍之一，千手一族嫡传后代纲手，辞去医疗部长职务，隐居原本的千手旧宅深居简出，绳树加入医疗忍者部参赞火影政事。
三忍之一，狂鬼自来也离开木叶游历。冷君大蛇丸痴迷科学研究，多年沉浸实验室之内，少问世事。
三忍之一自来也弟子，木叶人柱力漩涡玖辛奈夫家波风水门崭露头角，成为继白牙之后的又一暗部高手。
原本的暗部部长，有着白牙之称的旗木佐云，于六年之前的任务当中出现重大纰漏，被同伴指责失职，之后失去消息，疑似自尽……
风之国砂隐村乱象频繁，最终引发动乱，高层为了统一思想转移压力，发动了和火之国木叶村大战。
著名的第三次忍界大战开端之局，桔梗山之战就此爆发。
……
“任务世界：本源世界――火影忍者
主线任务：世界探索，探索整个世界的终极奥秘……
支线任务：眼睛的羁绊……
提示1：禁止向土著人物泄露有关主神空间的信息，否则消音处理，扣除一百积分。
提示2：检测到轮回者和当前世界存在羁绊关系，开启羁绊继承模式，继承之前与当前世界的所有联系。”
“探索任务！世界的终极奥秘？”
木叶村之外的一处荒山，五道身影同时遥望着远方的火影岩所在，初代、二代和三代的面孔遥远可见，古盛却没有那么多心思去观察这些。
“羁绊继承，你们几个……”
一边的柳黛玫好奇地看了看旁边装束各有不同的同伴，古盛、楚馨和美黛子三人的额头佩戴着木叶的护额，而凉子则是水之国雾隐村的装束与护额。