自鲁王朱以海逃往福建做起了“海上天子”途中时，护军统领赖塔率八旗军五千，蒙八旗兵五千，李成栋部降兵五万，进攻台州后南下进攻温州进入福建。
清军贝勒博洛带余下清军攻入江西，1646年总领大军的郑芝龙只想割据福建，独享一方，理也不理。而明朝老臣黄道周眼见郑氏家族按兵不动，军队诸部怯懦观望，已过花甲之年的黄道周对隆武帝表示：“与其坐而待亡，不如君臣共出一拼。我为大臣，当先皇帝而行，以为人臣表率。”要先于皇帝北上抗清。
隆武帝虽为英明之主，却一直为郑氏家族集团所架空。以郑芝龙、郑鸿逵、郑芝豹、郑影为首的郑氏家族，都是大海盗头子出身，数十年横行福建、广东、浙江一带沿海，兼商兼盗。他们崇祯初年受招安后，趁天下大乱之际一直忙于扩大地盘，充实自己的私人力量。
清朝贝勒博洛率军攻福建，黄道周凭一腔热血忠义，自己出钱，加上朋友资助，仅带万余两白银，携数名弟子慷慨出征。福建各地义民闻之而附，近万人加入他的指挥之下。隆武帝非常感动，流涕送行。由于人、财、物皆在郑芝龙家族掌握之中，隆武帝只能给这位老忠臣一百道空白委任状，没能拔给他一两军饷和一个士兵。
黄道周就是一个书呆子，在家抱抱儿孙、空余时做做学问，为官修修史书还行，领兵打仗就是个笑话，接下去黄道周打了一个烂仗，让人捂着眼看也想不通到底怎么回事，就像是小儿过家家，黄道周组织“扁担军”迎战清军，这支拼凑起来的军队，全无作战经验。这是认真的吗？还别说，就是这样的军队，福建各地义民闻之而附，近万人加入他的指挥之下。
随即黄道周救国心切，他出闽入赣，进至江西广信，上万人的军队，说是军队不如说是一帮叫花子拥入江西，随后发现周围全是清军，这支拼凑之师就这样被包围了，忧急之间，身在清军占领县城的婺源的明朝县令，是黄道周学生，他给老师发来“密信”，表示说可以充当内应，要老师一定率军前来攻取婺源。其实，这个人已经为清廷卖命。黄道周不知是计，贸然发三路兵前往。结果，半路皆被预先设伏的清军各个击破。一战全部覆没，黄道周被擒，押入婺源县城大牢看管。
很无语啊，整个过程就是去送人头的，当然了为了突出黄道周的“英勇大义”视死如归，把这次抗清失败归为郑芝龙不合作，说是郑氏家族在朝中散播闲话，说黄道周交通外臣，欲谋不轨。 先不去说隆武朝堂上这些是是非非，黄道周领兵打仗了这件事才是关键。
六月，清军兵分两路由仙霞关、分水关进逼福建，镇守仙霞关的郑鸿逵闻讯逃窜，清兵陷仙霞岭， 福建唐王朱聿键被迫出逃汀州，随后，就是死。清军早有行文，凡是捉拿到皇室朱姓一律处死。
九月十九日，清征南大将军多罗贝勒博洛统兵占福州，不久，清兵乃疾取兴化、泉州、漳州诸郡县。同月，博洛遣泉州绅士郭必昌持书往安平招抚郑芝龙，许以闽粤总督，郑芝龙知其为权益之计及调虎离山之计，然其坐以待毙，不如保存实力，后被执往北京，其子郑成功劝止郑芝龙未果，遂至孔庙哭庙、焚儒服，对自己的父亲说：“若父亲一去不回，孩儿将来自当为父报仇。”后率部出海。说道这里，其实郑芝龙也是被逼无奈了，不得不降了，力量对比太悬殊，降了还能许个闽粤总督，如果清廷反悔，郑成功就是自己的砝码，也给郑家留下一脉，所以才有郑成功哭太庙这一出，果然，郑芝龙被执往北京后，清廷反悔了。所以才有郑成功义无反顾地抗清到底。